一、體制、責任的比較
合伙會計師事務所是建立在合伙人之間互相信任基礎上的人和企業。其特點是靠人之間的合作，而不是資金合作。具備合伙人條件的注冊會計師，心不和難以成為合伙人，既使成了合伙人也難以維持。合伙會計師事務所中，合伙人是投資主體，事務所不是法人主體。但不是法人不等于沒有獨立的法律地位，合伙所仍擁有廣泛的權利能力，而且合伙人與事務所不可分離，是一體化的。合伙所的財產不為合伙所獨立擁有，而屬全體合伙人共同所有，合伙人是合伙財產的直接所有者。合伙會計師事務所的債務，由合伙人按照出資比例或根據協議，以各自的財產承擔責任，事務所的資產不足以清償時，由合伙人的個人財產清償。以個人財產清償沒有最低額和出資形式的限制，直到家庭財產全部賠完為止，負無限連帶責任。無限責任雖然是一種巨大的精神壓力。但任何事情都是一分為二的，恰恰是無限責任的設置使事務所的風險防范意識發生了根本的變化，使這一精神壓力變成了勤勉盡責、謹慎執業的動力。
改制的有限責任會計師事務所因受歷史條件限制，發起人不可能完全按照自己的愿望尋找搭檔，只要符合國家規定及事務所成員之間的約定條件，以資產為紐帶，通過外力把原事務所人員捏合在一起。發起人、出資人按協議出資就能成為事務所的股東，事務所就能組合起來。事務所股東對投入事務所的資產不能主張所有權，只能通過股權轉讓的方式取得。公司的核心是資本運作，通過資本運作使公司的股東(出資人)獲取經濟利益。有限責任會計師事務所以事務所的全部資產對債務承擔責任，出資人以其出資額為限。改制前事務所因有掛靠單位作強大的后盾，根本就沒有風險意識，脫鉤改制后也因負有限責任影響到風險意識的樹立。
從所得的利益方面比較，無論是合伙會計師事務所，還是有限責任會計師事務所，只要所從事的一切活動遵紀守法，按法納稅，發展就不受限制，所得利益也將受到法律保護。從這一點來看，兩種形式事務所的利益都是無限的。所不同的是，合伙會計師事務所利益和責任都沒有上限，即利益和責任都是無限的。而有限責任會計師事務所利益無限，責任卻有限，顯然不對等。因此，合伙所負有無限責任，不敢為蠅頭小利而冒以家庭財產作賠的風險。而有限責任會計師事務所是以個人出資額為限作為賠償的砝碼，當利益大于賠償額時，就可能為利益所驅動，滿足委托方的不合理要求，損害國家和社會公眾利益。一些上市公司之所以敢造假上市、詐騙錢財，損害廣大投資者的合法權益，原因是多方面的，但不能說不與會計師事務所的“包裝審計”有關。會計師事務所為了自身利益，對財務狀況存在問題的企業進行包裝，為企業提供了上市證明，坑害投資者。筆者看來，這不僅僅是職業道德問題，與會計師事務所所負的法律責任有關。如果合伙所敢為小利而忘大法、冒風險，那是要付出沉重代價的，有可能傾家蕩產。有限責任會計師事務所，即便造成嚴重惡果，經濟賠償的法律責任也不能超出個人的出資額。同罪異罰，相同的問題，因事務所的性質不同和懲罰不同。再說，有限責任事務所僅在出資額范圍內進行賠償，是從獲得的“一桶”利益挖出“一勺”而已。“法輕利重，安能絕乎”!這是晉代葛洪在論述“酒禁”時說的一番話。意思是說，因為釀酒、販酒獲得暴利，而犯禁的處罰很輕，所以屢禁不止。對會計違法行為的處罰，如果采用法輕利重的辦法，一些人就會為了利益“赴湯蹈火”，“前人雖敗，后人復起”。造假上市的現象就難以遏制。
二、稅負比較
合伙所不是一個納稅主體。國務院自2001年1月1日起決定對合伙企業停止征收企業所得稅，取消雙重稅。合伙人根據所得繳納個人所得稅，稅后收入由合伙人提取或留在企業。有限責任事務所是納稅主體，個人工資達到納稅標準的交納個人所得稅，企業的經營收入扣除成本，按實現利潤交納企業所得稅，個人取得的股利交納個人所得稅。顯然，合伙所稅負會輕于有限責任所。
三、組織形式比較
有限責任會計師事務所是按《公司法》規定成立起來的，又名有限責任公司。事務所設若干股東，股東以出資額對事務所負責，事務所以全部資產對債務承擔責任。組織機構有：股東大會、董事會(執行董事)、監事會這種組織結構，從加強事務所的治理和權力制衡上說，無疑是科學的，但對于幾十個人的小所，也設立如此復雜的機構，未免“一國三公，適從焉在?”而合伙所權力層沒有這些機構，合伙人完全是志愿結合，對合伙所共同管理，共負責任，一般來說不會有那么多權力紛爭和人事矛盾。
綜上所述，合伙會計師事務所的體制、稅負、組織機構等要比有限責任會計師事務所優越，但在規模等方面尚落后于有限責任會計師事務所。合伙會計師事務所面對基礎雄厚、較大規模的強勁對手要充分發揮體制優勢，不斷修正觀點，規范行為，提高執業能力。政府有關部門，要解放思想，努力為合伙會計師事務所創造一個公平、公正的競爭環境，使合伙會計師事務所發展成為事務組織形式中的主導形式。
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